同濟大學按照國務院常務會議精神，從2014年秋季學期起，向所有納入國家招生計劃的新入學研究生收取學費。其中：工程管理碩士（125600）、MBA（125100）、MPA（125200）、法律碩士（非法學）（035101）、軟件工程碩士（085212）、金融碩士（025100）、會計碩士（125300）和翻譯碩士（055101、055102、055109）專業(yè)學位研究生的學費標準另行公布，其它碩士研究生學費為8000元/學年。

對全日制學術型研究生和全日制專業(yè)學位碩士研究生，同濟大學有完善的獎助體系（工程管理碩士（125600）、MBA（125100）、MPA（125200）、法律碩士（非法學）（035101）、軟件工程碩士（085212）、金融碩士（025100）、會計碩士（125300）和翻譯碩士（055101、055102、055109）不納入獎助體系中），對于納入獎助體系的全日制學術型碩士生和全日制專業(yè)學位碩士生在入學時全部都可以獲得每年8000元的全額學業(yè)獎學金，該獎學金用以抵充學費。對納入獎助體系的碩士研究生還可獲得6000元/年的助學金。另外，全日制研究生都可以申請助教和助管的崗位，獲得額外的資助。所有全日制碩士研究生在學期間納入上海市城鎮(zhèn)居民基本醫(yī)療保險，可申請辦理國家助學貸款，可參加有關專項獎學金評定。

同濟大學工商管理碩士在職班、金融碩士在職班、公共管理碩士、工程管理碩士、會計碩士采取在職學習方式，考生錄取后，人事關系不轉入學校，在讀期間不參加上海市大學生醫(yī)療保障，學校不安排住宿，畢業(yè)時不納入就業(yè)計劃。

同濟大學碩士研究生學制一般為2.5 年（工商管理碩士普通項目、中印美Global MBA項目、公共管理碩士、金融碩士、會計碩士、翻譯碩士、藝術碩士為2年；風景園林碩士、生物學、工商管理碩士同濟-曼徹斯特MBA雙學位項目、法律碩士（非法學）為3年；醫(yī)學院與口腔醫(yī)學院招生專業(yè)均為3年），修讀年限最長為4年。中德學院、中法工程和管理學院另有語言強化班，需時半年。