經國務院學位委員會批準，自2014年7月起上海醫藥工業研究院藥學一級學科博士、碩士學位授予權以及生物化工學科碩士學位授予權變更為中國醫藥工業研究總院。此次變更只涉及到行政主管部門的變更，并不涉及到專業設置、導師隊伍、研究方向、科研條件等業務內容的變化。我院是1979年經國務院學位評定委員會批準的具有6個藥學二級學科碩士學位授予權單位。1981年成為全國首批同時具有博士、碩士學位授予權單位（包括著名高校和中科院等科研單位）之一。2000年被國務院批準為具有藥學一級學科博士學位授予權單位（即博士學位專業擴增至藥學所有專業）。現設有藥學一級學科博士后流動站。目前，在藥學一級學科下的所有專業均有招生計劃，包括藥物化學、藥劑學、生藥學、藥物分析學、微生物與生化藥學、藥理學、社會與管理藥學、臨床藥學。同時我院還是生物化工碩士點招生單位。

2015年我院研究生培養費依舊由本院承擔。自2014年起國家規定對于計劃內研究生要收取學費，并規定碩士生每人每年學費不超過8000元。為此，我院對于計劃內非定向研究生收取學費3000元/學年/生，所收學費全部用于提高原有助學金和獎學金的標準。助學金的覆蓋面為100%，獎學金的覆蓋面不低于80%。